狼苏醒之后失去了平田宅邸的相关记忆,(因为他确实已经死了。龙胤之力并没有关机录像功能)，也不知道自己获得了龙胤契约。他只记得九郎是自己的主人，但是九郎现在人在哪里，是否还活着则—无所知。因此狼失去了人生动力，浑浑噩噩在枯井中虚度时日。
直到有一天，永真奉苇名一心之命来到枯井，告诉狼他的主人还活着，就在不远的观月楼。
于是狼起身去寻找九郎，游戏正式开始。
狼找到了主人。九郎热情地欢迎狼，但狼却没有表现出太多的热情。少叙之后，主仆两人开始逃亡，来到了游戏的名场景“芦苇荡”。
这片芦苇荡就是当年苇名一心斩杀敌将田村的地方。在最终boss战时，二阶段一心从地上踩起来的枪就是田村用的那把。
苇名弦一郎不知从哪里得到了九郎潜逃的消息，已经提前在这里等着两人了。狼被弦一郎打败，失去—臂，昏死过去。
狼醒来后，发现自己被佛雕师所救。给他消息的永真也在身边。两人为狼安排了一套新的打铁装备，只狼又获得了一次拯救九郎的机会。
这次，狼在旅途中得到了守护铃，得以穿越回三年前的平田宅邸，捡回了自己失去的记忆。
这时，他才知道，当年是主人用龙胤之力救了自己。自此，狼决定永远守护主人，不再受忍者戒律的束缚。狼与九郎的感情，在这—刻才真正建立起来。
接下来狼一路开无双，打到了苇名城天守阁，再次面对苇名弦一郎。
从弦一郎与九郎的对话中，狼得知了弦一郎抢走九郎的真正目的:苇名一心病重，内府的入侵随时到来。为了守护苇名，弦—郎愿意采取任何手段来换取胜利。
就在几天之前，内府军已经与苇名军展开了一场试探性的战斗。苇名的所有秘密武器都被投入战场，包括用改进的变若水创造的红眼军队，不受控制的火牛，喂柿子催熟的太郎兵等。即便如此，苇名的防守效果依然不佳。所以弦—郎只能再在龙胤身上做文章。
面对弦一郎的威逼利诱，九郎的态度也很明确。他与前代龙胤持有者丈的观念一样，认为龙胤是不祥之物。也许它能够拯救苇名国，但也一定会带来更大的灾难。与其如此，不如只让我和我的忍者来承受宿命。苇名国的命运，还请用其他的方法去拯救。
弦一郎这才意识到，只有先除掉狼，才有可能说服九郎奉献出龙胤之力。于是两人在天守阁大战。
在一顿叮叮当当.....咳...的打铁之后....咳咳咳.……弦一郎败北。但弦一郎提前喝了改进的变若水，承受住了狼致命的斩击。弦一郎认为他已无力从狼手中夺回九郎，便跳下天守阁，跑掉了。
到此，九郎便正式从长达三年的囚禁中解放出来了。
接下来的路
九郎和狼此时面临着和上一代人同样的选择。也是关系到游戏的三个不同结局:
A.断绝不死---九郎自尽，让龙胤之力消失。--这是当年丈的选择。
B.回复常人---狼自尽，让九郎变回普通人。--这是当年巴的选择。
C.龙之还乡°---剥离龙胤之力，封印到变若之子体内，再与她一起前往西方，归还龙胤，彻底解决苇名国的不死诅咒。--这是当年仙峰上人的选择。
这三个结局都没有提到苇名国的命运。可见游戏的主题就是生与死的羁绊，苇名国的背景故事只是给玩家一个用刀打铁的理由。
官方指定“龙之还乡”是游戏真正的结局。我们就按照龙之还乡的流程讲述剧情。
九郎经过思考，决定效仿丈大人的做法，实施断绝不死计划，牺牲自己来断绝龙胤。
狼表面答应了他，暗中却准备实施龙之还乡计划，这样可以保住九郎和自己的生命。
于是众人开始收集资料。在永真的帮助下，狼得知关键的道具有两样:
不死斩--这两把工具刀是进行所有操作的前提。红不死斩就在仙峰寺。黑不死斩在巴手里，她死后下落不明。
龙泪--龙泪是樱龙眼泪的结晶，是进行“龙胤”相关操作的必需品。樱龙本体处在一个特殊的位面--仙乡。仙乡位于源之宫，而去源之宫则需要开门道具——“源之香”。
源之香又由三部分构成:
结宿之石，馨香水莲,常樱香木。
这三个道具分别对应了三条剧情支线和三张地图，它们分别是:
·结宿之石-->水生村、馨香水莲-->坠落之谷、常樱香木-->内府入侵后的苇名城。
得知了这些信息之后，狼先动身前往仙峰寺，寻找红色不死斩“拜泪”。
狼在仙峰寺佛殿找到了一个守护铃，进入了一个巨大的幻境中。幻境里有四只猴子，他们是当年仙峰上人为变若之子安排的守卫。外人只有同时抓到四只猴子才能进入变若之子所在的内殿。
只狼在幻境中得知巴也曾来过这里，但她没能抓住四只猴子，所以最终没有拿到红色不死斩。
击杀四猴之后，狼见到了变若之子。
变若之子把红不死斩给了狼，但她此时尚不明白自己存在的意义，也不了解剥离龙胤的方法。狼只能先去寻找其他道具，回头再来找变若之子商量。
坠落之谷-馨香水莲篇
坠落之谷是护国之战的古战场之一。当年淤加美人撤退时，在这里留下了大量的族人。由于无法再回到源之宫，这些淤加美的后裔断绝了与樱龙的联系，渐渐恢复了人类的特征。男人不再鱼人化，女人也不再长颈（但似乎还保留着隐藏容貌的习俗)。他们与附近的苇名人通婚并展开贸易，崇拜在附近游荡的白蛇神，形成了自己的势力。由于这些混血人拥有淤加美的血统，天生视力超群，在铁炮传入日本后，他们就以铁炮作为武器，演化成了一个特殊的兵种--蛇眼铁炮兵。内府入侵开始后，有一部分铁炮兵受雇于苇名政府，参加了苇名保卫战。
铁炮兵在崩裂峡谷建立了巨大的铁炮要塞，守护着要塞背后的秘密。狼对铁炮兵的秘密不感兴趣，他的目标是铁炮要塞深处的菩萨谷。馨香水莲就生长在菩萨谷尽头的一个山洞里。
磬香水莲是菩萨谷特有的物产。这种青白色的莲花对雌性猿猴很有吸引力。于是有两只巨大的猿猴来到了这里，一起守护着磬香水莲。后来，从源之宫流下的湖水污染了菩萨谷，公猿猴变成了附虫者，获得了不死之力，被人们称为“狮子猿”。多年后，没有感染的雌猴自然死亡，狮子猿却不能死去，只能孤独地在附近徘徊，替他的伴侣照料磬香水莲。由于不死虫的作用，狮子猿变得暴躁疯狂，给附近的生物造成了很大的困扰。
佛雕师年轻时曾在菩萨谷修炼。他的外号【猿】就来自于模仿猴群灵活的身法。狮子猿的暴走打破了菩萨谷的宁静，污染了附近的水源。为此，猿的同伴【川蝉】瞒着猿，只身去讨伐狮子猿。经历苦战之后，她将太刀插入狮子猿脖颈，成功将其击杀。
但是，川蝉没想到狮子猿是附虫者，被突然复活的狮子猿偷袭，葬身猿腹。她的怨魂变成了七面武士，终日在菩萨谷哀嚎哭泣。【猿】得知消息后，痛不欲生，从此性情大变，杀戮成魔。
最后，狼见到了狮子猿，成功将其打败，拿到了誓香水莲。坠落之谷篇结束。
水生村-结宿之石篇
水生村是另—个不死之力肆虐的地方。
水生村位于源之宫的下游。这里的人们由于常年饮用来自源之宫的湖水，导致体内会生出一种特殊的石头:结宿之石。
结宿之石是制作“源之香”的必备材料之一。另外，水生村还拥有花轿---这是护国之战后，唯一一个能够从下界通往源之宫的入口。所以淤加美人要控制水生村，以确保源之宫与下界通道的安全。
他们指派了一个族人来到水生村。以“雾隐贵人”之名断绝了水生村与外界的交流。
雾隐贵人先猎杀了村里正直的僧人，将他们的尸体吊在树上，作为媒介施展法术，用浓雾将整个水生村封闭起来（然而还是有一个孤影众混进来了。不愧是忍者)。然后物色了一个神官，向村民们宣扬京城水的好处，蒙骗淳朴的村民们喝下京城水，让他们变成了行尸走肉，顺从于淤加美人的命令。最后，他在花轿前召唤了破戒僧的幻影，来确保通道的安全。
这样，整个水生村就变成了淤加美人的附庸。
狼到了水生村之后，斩杀了雾隐贵人，在水生村深处找到了结宿之石和通往源之宫的轿子。
根据幸存小怪描述:这个卑鄙的外乡人没有尝试去拯救水生村的村民。但是他后来又回来了一次，斩杀了神官，拿走了他的财宝。
水生村篇完。
内府入侵--义父篇
狼拿到磬香水莲和结宿之石后，回到了苇名城。这时，内府的军队已经攻进来了。
苇名城到处都是装备精良的赤备。房顶上，孤影众取代了寄鹰众，占据了通向天守阁的空中要道。
狼只能走水路返回内城。在天守阁上，他看到了义父正在与九郎交涉。
赤备的这次大举进攻，带路者正是义父。他指引内府军队攻陷了苇名城，将九郎困在城中。
义父向九郎摊牌，直言想要获得不死之力。九郎当然予以拒绝，转身返回居室。
狼见到“复活”的义父，立刻明白了义父就是三年前在平田宅邸背刺他的人。义父要求狼放弃对九郎的效忠，站在自己这一方。
狼拒绝了，说自己与九郎有契约在身，这个束缚比忍者的戒律更加重要。
义父假装赞许。等狼转身离开后，想要故技重施再次背刺狼。
但这一次，狼出刀挡下了。
义父知道狼已经了解了真相，便不再多言。父慈子孝的戏码...咳该咳...再次在天守阁上演。
让义父当场去世后，狼已经不再是那个任他人摆布的忍者。他决定按照自己的意志生存，拯救九郎，断绝龙胤。
检查义父的尸体，狼发现他就是盗走常樱香木的窃贼。至此，狼已经收集全了所有制作源之香的道具:髻香水莲，结宿之石，常樱香木。
但是他想要达成龙之还乡计划，还不能在此时就制作源之香。
接下来，狼用了一些小手段，在永真，九郎和猿等人处得到了一些信息。
狼再次返回仙峰寺。这时变若之子已经想通了自己的使命。她决定帮助狼，一起送走龙胤，达成龙之还乡。
根据仙峰上人的笔记，狼知道了龙泪要被冻住才能剥离龙胤。冻住的道具产自变若之子，这就是所谓的“冰泪”。冰泪的制作需要献祭白蛇大人。这对于狼来说，并不是什么大问题。
现在，狼收集全了所有道具，就只差龙泪了。
下一步是前往源之宫找到樱龙，用红色不死斩取得龙泪。
源之宫篇
到达源之宫后，狼见到了樱龙本体。这是一个半龙半植物的生命体，左臂已经缺失，也不能驾驭雷的力量（相反它还很弱雷)。
经过一番“高端操作”后，狼打败了樱龙，用红色不死斩取得了龙泪。
ps:关于樱龙的真相，狼学家们已经有很多讨论了。个人比较倾向于樱龙并不是一个实体生物，而是以一个类似灵体的存在。它随着观察者的变化而变化。
比如，见到的樱龙就和他本人一样，都是左臂缺失。显然这只是一种幻象，是观察者自身的镜像。
至于樱龙的本体，可能就是龙胤。它不断地辗转在凡人的躯体内，靠吸取周围的生命力过活。它留在现世的躯壳，就是源之宫里那棵巨大的樱花树。这解释了为何狼发动忍杀回血时(即发动龙胤吸取生命力)，形成的光芒是樱花的颜色。
最重要的，龙之还乡计划之所以能够实现，只能是建立在“龙胤即是樱龙”的基础上。否则仅带走龙胤，把樱龙继续留在苇名，为何就能根除不死之力呢?
如果这个推论是正确的，那么仙峰上人可能才是全游戏最聪明的那一个。他早早就看透了樱龙的本质，知道任何不死斩都无法伤害以灵体存在的樱龙。只有将龙胤封印住，让它不能随便跳转到下—个龙胤持有者身上，再带离苇名国，才是解决问题的唯—途径。
结局篇
狼从源之宫返回后，发现苇名一心已病死，苇名城被内府攻陷。
永真告诉狼，九郎已从地道逃生，现在人在芦苇荡。
追到芦苇荡之后，狼遇到了拿着黑色不死斩的弦—良郎。
黑色不死斩的能力是“开门”，只要献祭不死者，便能从黄泉拉回已死之人。弦一郎认为既然九郎不肯赐予他龙胤之力，那就干脆献祭掉他，召唤出全盛时期的剑圣，一样也能守卫苇名。
狼赶到时，九郎已经被弦─郎重伤，生命垂危。
铛铛铛铛之后，狼再次打败了弦—良郎。
弦一郎感叹自己能力有限，实在打不过狼，便自刎献祭了自己，召唤出了全盛时期的苇名一心。
苇名一心被孙子的执念感动，决定杀死狼和所有的内府士兵，替弦一郎完成守护苇名的愿望。
狼经过苦战，终于成功砍伤了—心。
——心虽然是不死之身，但他明白自己已经败了。
他没有再多废话，大大方方地承认败北，让狼用不死斩帮忙介错，就此离开了人世。
至此，狼终于用一己之力，彻底为苇名众的历史划上了句号。
他带回九郎，喂他服下冰泪和龙泪，将他封印在了变若之子体内。
九郎并没有死，龙胤也没有死，它们都以一种奇特的方式，继续共生共存着。
狼成为了变若之子的护卫。这一次，主仆关系不再依赖忍者的戒律来维持。
夕阳中，狼与变若之子—起踏上了前往西方的旅途。
两人身后，是能食影燃烧的苇名城。
『全剧终』
【剧情BUG汇总】
1.为什么同样是龙胤之子，丈会罹患龙咳，而九郎却不会?
强行解释的话，可能是狼武功高强，已达到了知乎人均水平，从头到尾一命通关，从没触发过龙咳。而巴是个菜鸡，打个精英怪都死好几回，二十年间就把苇名城咳死了一半人。最后自己实在过意不去了，就羞愤自刎了。苇名民众恨她太菜，于是把她掘坟盗尸，挫骨扬灰了。所以她的尸体至今仍找不到....
2.源之宫的建筑风格是奈良时代°的，源之宫居民的衣着是平安时代的，而仙乡入口处的巫女的着装却是古坟时代°的。那么樱龙到底是哪个时代在苇名扎根的呢?
樱龙扎根的年代关系到一个细节问题:众所周知，樱龙的武器“七支刀”原型是百济国送给日本天皇的礼物。而百济灭亡于公元660年，当时的日本正是古坟时代。换句话说，如果樱龙来自于古坟时代，那么所谓的“西方”指的就不是中国，而是朝鲜。(我个人是有点失望的。本来还希望二代能看到多尔衮大战米娘，九郎肉搏孝庄的戏码呢。现在估计只能看到只狼杀棒子了)
3.狼是龙胤契约者，然而弦一郎却可以使用普通太刀砍掉他一只手，这又是什么科学道理呢?
在官方漫画中，只狼的“灰心哥”曾被剑圣一心大卸八块，后来却恢复如初。这暗示“不死者"是能免疫断肢伤害的。既然如此，佛雕师为什么还要给狼安装忍义手呢?
4.巴拿到的是黑色不死斩，是无论如何也挖不到龙泪的。那么巴当年是怎么做到“回复常人”的呢?
5.黑色不死斩这个设定的意义在哪?只是为了给全盛一心安排个出场理由吗?
6.蝴蝶夫人的立场是什么?
老贼每代作品都会把一些重要剧情留白，在《只狼》里，最明显的就是蝴蝶夫人的人设。
本来，蝴蝶夫人用幻术控制九郎，打伤平田家武士，看起来“平田宅邸事件”就是她和义父的一场黑吃黑，没得洗。但是很多细节却暗示了，蝴蝶夫人的立场可能并不像表面看到的那么简单。
首先，蝴蝶夫人与九郎关系极好。九郎在遇到危险时，第一时间想到的就是父母和蝶大人。九郎的父母已经被山贼杀死(蚰蛇重藏腰间挂着两个首级袋)，最后是蝴蝶夫人带着他躲到佛堂，逃过了山贼的追杀。
其次，蝴蝶夫人看到进入佛堂的狼，并没有沟通就直接开战。以常理推测，来者是自己的徒弟，同时还是九郎的护卫，怎么也要先询问—下，然后再做决断吧?
个人觉得，只有“蝴蝶夫人是白的”才能解释她的行为。
判断的关键点就在于“樱露”。
一直以来，玩家都以为樱露°和龙胤是有密切关系的。九郎更是明确指出，蝴蝶夫人手中的樱露就是当年丈与巴留下来的契约凭证。这也成了蝴蝶夫人想要攫取不死之力的铁证。
但是，隐藏的剧情表明，樱露不仅龙胤持有者可以使用，变若之子也可以使用。所以它并不是缔结龙胤契约的道具，大概率只是个加强版的变若水而已。
这样一来，蝴蝶夫人就与不死之力划清界限了。她的立场也就很好解释了。
整个过程脑补如下:
一开始，蝴蝶和枭带着寄鹰众来到平田宅邸，本以为是普通的清剿任务，结果却看到护卫力量一败涂地，山贼纵火屠城。老辣的蝴蝶立刻意识到内部出了问题:这绝不是一次简单的山贼入侵事件。
通过观察游荡在现场的孤影众，蝴蝶夫人确定了队伍中确实存在内鬼。为了保险起见，她对平田宅邸的武士发动了幻术，以杜绝身边可能出现的叛徒（蝴蝶杀平田家的战五渣用针就足够了，用幻术恰恰说明了蝴蝶吃不准谁是叛徒，留手了。伊之介9因此幸存)。接着她保护着九郎躲进佛堂。
此时她面临的情况是:敌人数量众多，还有强大的孤影众压阵。自己身边没有可信任的人。
所以她使用幻术控制九郎buff自己，多争取一点胜算。(就九郎那个榆木脑袋，不心控肯定是不赐挂的)
这时，隐藏佛堂的大门打开了。
由于佛堂是个密室，只有自己人才会找到这里。因此无论是谁用钥匙打开了佛堂大门，那个人一定就是内鬼。
所以蝴蝶夫人见到狼时只有一句话:
(原来）是枭的儿子啊......
讽刺，无奈，伤心，失望，憎恨......各种情绪都汇集在这一句话里了。别的都不用再说了。
蝴蝶轻蔑地表示:“不过是只小狗罢了..…"
狼杀死蝴蝶后，九郎因为中了幻术，没能察觉到蝴蝶的真正用心。这导致了蝴蝶没被九郎救活，弦—郎也失去了提前获知义父背叛这个关键信息的机会。
私以为，弦一郎之所以会养成不择手段的性格，平田宅邸事件的影响不可忽视。一场普通的山贼入侵，却让苇名国连损两员开国大将，这对身为国主的弦一郎的自信心是个极大的挫败。他战后开始囚禁九郎，又一直放不下武士的面子，三年间未与九郎见上一面。如果蝴蝶夫人还活着，弦—郎可能也不会走上如此可悲可叹的异端之路吧。
【完】